探索虫洞是获取高级蓝图、稀有装备和资源的核心玩法，其过程充满高风险与高回报的特性。虫洞是星图中未标注的神秘星系，通过空间裂隙与主宇宙相连，其内部环境复杂且危险。宇宙中存在着五种不同危险等级的虫洞，分别为平静、波动、异常、凶险与危险，其名称直观反映了潜在风险，颜色越特殊代表环境越不稳定，内部敌舰的强度也相应越高。指挥官可通过开启星图并将显示模式切换至虫洞分布来定位这些入口，不同颜色的标记即代表了不同类型的虫洞入口。选择进入何种虫洞直接决定了后续航行将面临的安全程度与战斗压力。
进行虫洞探索前，充分的准备工作至关重要。由于虫洞内存在特殊的空间扭曲效应，会持续干扰并大幅降低舰船的能量恢复效率，最高削减可达95%，因此能量管理是生存的关键，必须优先为舰船配备能量回复增效器或护盾通量线圈等组件。在舰船选择上，推荐使用船舱容量适中且万一被击毁后损失成本相对较低的驱逐舰或巡洋舰，不推荐使用造价高昂的战列舰。务必在船舱内装载足量与主武器型号完全相同的备用弹药，以确保在持久战斗中能自动补充，避免弹尽粮绝。若组队进入，必须确保所有成员使用相同吨位的舰船，否则会被系统分配至不同的虫洞副本中。
进入虫洞后，指挥官将置身于一个无法通过星图定位的未知区域。虫洞内部主要分为维序区和暗区两大区域，维序区属于安全区，禁止玩家之间的PVP战斗，适合积累基础资源；暗区则允许自由PVP，风险更高但产出的奖励品质也更优。虫洞通常具有从W0到W3的层级结构，需要逐层深入，层级越高，危险与收益也同步提升。一个高效的探索策略是，先在维序区完成任务，当左侧状态栏显示的虫洞扭曲效应累积到7层左右时，再选择进入暗区，此举可以重置扭曲层数，从而获得额外的探索时间。在探索过程中，应优先寻找并完成带有加号图标的BUFF任务，以获取如伤害提升、体积系数降低等永久性增益效果，这对后续战斗有极大帮助。
虫洞内的任务与事件多样，主要分为战斗任务和特殊事件两大类。战斗任务通常要求依次击败三波敌舰，全部消灭后会掉落可开启的宝箱。特殊事件则包含多种随机互动场景，例如在遗弃前哨站可能需要破解数列谜题，答错超过一定次数可能触发敌对反应；遇到加速轨道可能遭遇敌人或获得补给；而打劫三人组、神父事件或巴卡与张兄等事件，则可能通过对话选择提供不同的解决方式和奖励选项。在战斗中，必须优先集火消灭名字中带有捍卫者、追逐者或追猎者的敌舰，因为它们通常携带毁电装置，会急剧恶化你的能量状况。合理利用援护舰长分担伤害和提供支援，也是度过危险战斗的有效手段。
掌握撤离时机与理解收益机制是完成探索的最后环节。空间扭曲效应会停留时间不断叠加层数，当累积至十层时，舰船将变得极度脆弱，能量几乎无法回复。此时必须通过虫洞内部的星门出口或人造的回归信标设施撤离，返回穿越前的星系。虫洞的奖励包括蓝图破译箱、各类资源和特殊植入体等，其品质与探索的深入程度和区域选择密切相关。需虫洞探索每日有次数限制，通常情况下每日可进入两次，若持有开拓者状态则可增加至三次。
