开启地牢中的箱子，核心在于明确箱子的类型并获取对应的钥匙。地牢中的箱子主要分为两大类：上锁的黄金宝箱和需要在困难模式（肉山后）开启的环境宝箱。黄金宝箱需要使用黄金钥匙开启，而环境宝箱则需要使用各自对应的、由玩家合成的环境钥匙，例如腐化钥匙、血腥钥匙、冰霜钥匙、丛林钥匙和神圣钥匙，这些钥匙与宝箱的颜色一一对应。
对于黄金钥匙，最可靠的方式是击败地牢中的怪物，其中地牢史莱姆被确认会百分之百掉落一把黄金钥匙，其他地牢怪物也有概率掉落。环境钥匙的获取则是一个系统的合成过程，其材料包括环境模具、神庙钥匙以及机械三王掉落的三种灵魂各五个。环境模具的掉落条件较为苛刻，玩家需要在肉山后的世界，于对应的生态区域（如神圣之地、腐化之地、血腥之地、雪地或丛林）中击败怪物，才有极低的概率获得相应的模具；神庙钥匙由世纪之花BOSS掉落。集齐所有材料后，在秘银砧或山铜砧处即可合成对应的环境钥匙。
在具备钥匙之后，开启宝箱的操作本身相对直接。开启地牢黄金宝箱的前提是击败骷髅王以解除地牢的诅咒，否则地牢守卫会秒杀玩家。找到目标宝箱后，玩家无需将钥匙装备在快捷使用栏，只需将其存放在背包中，在空手状态下（不要手持镐子或斧头等工具）直接右键点击宝箱，游戏便会自动消耗对应的钥匙完成开启。环境宝箱在地牢中有其独特的颜色外观，例如神圣宝箱呈淡蓝色，腐化宝箱为紫色，便于玩家识别。
成功开启宝箱后，玩家将获得其中存放的特定物品。黄金宝箱内包含诸如妖刀村正、钴蓝盾牌等对游戏前期冒险有显著帮助的装备和道具。而各个环境宝箱则提供了接近毕业阶段的强力武器，例如神圣宝箱中的彩虹枪能发射持续的彩虹光束，腐化宝箱中的腐化灾兵可放出会分裂的小吞噬者，血腥宝箱中的吸血飞刀兼具远程攻击与生命恢复效果，冰霜宝箱中有冰霜九头龙杖，丛林宝箱内则为食人鱼枪。这些宝箱在开启后，其箱体本身可以使用镐类工具回收，用于玩家的建筑存储系统。
