舰载机的部署需要从生产环节开始准备。基地需扩建至5本并拥有舰载机生产线才能进行生产，在生产线界面选择可生产的舰载机型号后点击生产按钮即可。完成生产的舰载机需通过舰队界面中的载机型战舰进行配置，点击舰载机配置选项后将下方列表中的飞机或护航艇拖拽至对应位置完成装载。需注意战机与护航艇的载机舰类型不同，配置时需确保舰船类型匹配。
舰载机的战术定位决定了其装配思路。战机分为轻型、中型和重型三类，轻型侧重拦截敌方舰载机，中型针对小型舰船，重型则专精对抗大型目标；护航艇作为持续作战单位，主要承担防空任务。配置时应根据舰队整体需求选择对应类型，例如防空压力较大时可优先搭载对空型战机或护航艇。载机舰的容量限制也需考虑，巡洋舰和战列舰的搭载量远低于航母，需合理分配舰载机资源。
实战中舰载机的站位与战斗序列直接影响作战效能。通过蓝图界面查看单舰属性，可确认其属于前、中、后排定位，防御型舰船应置于前排吸收伤害，输出型舰载机则部署于中后排。舰载机武器的攻击序列决定其优先攻击目标，例如部分鱼雷会优先锁定护卫舰，这种特性可用于针对性克制敌方阵型。被动防空型舰载机仅在母舰受攻击时启动，区域防空型则能提供更大范围的保护。
技术值可通过战斗或任务获取，用于提升舰载机的采集、移动或作战能力，建议前期优先强化仓库容量与采集效率。舰载机等级直接影响性能，高等级舰载机可装配更高级别的装备与技能，需根据其特性选择增加防御力或攻击力的模块。维修无人机机库等扩展模块能显著提升持续作战能力，但会占用载机容量，需权衡攻防需求进行配置。特殊作战单位如无人艇的配置需遵循协同原则。永恒苍穹级等航空母舰可同时搭载战机编队与无人艇编队，形成协同攻击链。无人艇不仅能提供防空支援，其电子设备还可为战机编队提供战略强化。此类复合配置需严格计算指挥值消耗，避免超出舰队承载上限。载机舰的维修工作必须在基地船坞完成，预制模块无法在战场实现即时维修，这点在长途作战时需特别注意。
