模块改造是提升舰船性能的核心手段，直接影响战斗力和战术适配性。改造模块需要进入战舰档案界面，选择目标舰船后查看研究树，点击魔改按钮即可进入改造界面。不同舰船的模块改造方向差异较大，需根据舰船定位和战斗需求选择强化方向，例如增加技术值、提升武器伤害或优化防御属性。部分高级舰船如ST59战列巡洋舰的模块改造需优先考虑装甲和能量抗性，而护航艇则更侧重缩短冷却时间与暴击率提升。
模块改造的资源消耗与技术点分配需谨慎规划。技术点主要通过战斗经验、蓝图研究或特定任务获取，改造前需确保储备充足。通用型舰船如FG300护卫舰可优先强化动力系统与仓储容量，而专用舰船如奶船（卫士、苔原等）则需侧重策略技能与治疗效率。同一舰船的不同子型号模块不互通，改造时需针对性投入资源。部分特殊模块如攻城弱点识别或周期集火技能，能显著提升特定场景下的作战效率，但需结合舰队整体配置权衡优先级。
前排舰船通常强化护甲与减伤属性，例如CAS066巡洋舰可优先提升对中型舰伤害能力；后排输出舰则需平衡命中率与攻击间隔。对于携带舰载机的航母类舰船，模块改造需同步优化舰载机搭载效率与母舰生存能力。部分玩家倾向通过混编运输舰（如721载货型）提升工程舰队容量，此类非战斗模块的改造需以资源采集效率为核心，避免过度消耗战斗向技术点。
战列巡洋舰与航母等高阶舰船的模块往往需专项研究，例如轨道炮强化或雷火武器系统升级。改造时应避免单一属性过度堆叠，需结合敌方舰队构成动态调整。若以PVP为主要目标，可优先解锁针对护卫舰或驱逐舰的特化模块；PVE场景则更侧重续航与范围伤害。
